| 昭和26年8月 | 日本初の放射性同位元素取扱施設として東京大学放射性同位元素総合研究室（アイソトープ総合センターの前身）を新設 |
| 昭和45年4月 | 東京大学アイソトープ総合センター設置（国立学校設置法施行規則の一部改正） |
| 昭和46年3月 | 建物竣工（地上５階地下１階3,036m2） |
| 昭和47年2月 | 放射線障害防止法に基づく放射性同位元素の使用が承認される |
| 昭和47年10月 | 共同利用及び学部学生の教育訓練開始 |
| 昭和48年12月 | 放射線取扱者（部局依頼）の研修を開始 |
| 昭和55年4月 | 全学の放射線・アイソトープ取扱者の教育訓練の総括機関として、東京大学新規放射線取扱者講習会（RIコース及びX線コース）開始 |
| 昭和57年7月 | 教育訓練棟増築（地上５階地下１階1243m2） |
| 昭和58年7月 | 放射線障害防止法に基づく放射性有機廃液の廃棄の業（廃第8号）について承認される |
| 平成元年3月 | 実験技術講習会（遺伝子操作の基礎）開始 |
| 平成2年11月 | 放射線診療従事者の全学一括講習会（診療放射線コース・核医学コース）開始 |
| 平成3年9月 | 東京大学新規放射線取扱者講習会（RI英語コース）開始 |
| 平成4年3月 | 研究棟建物・設備の改修 |
| 平成6年12月 | 東京大学新規放射線取扱者講習会（X線英語コース）開始 |
| 平成20年4月 | 耐震改修工事・設備改修竣工 |
| 平成20年9月 | 東京大学新規放射線取扱者講習会（RIXコース）開始 |
| 平成23年3月 | 東京電力福島第一原子力発電所事故に伴う本学キャンパスの環境放射線測定 |
| 平成23年5月 | 南相馬市の除染作業に参加 |
| 平成23年7月 | 児玉龍彦センター長国会参考人質疑 |
| 平成23年より | 南相馬市、楢葉町、浪江町、広野町 福島県浜通りの４つの市町と東京大学が除染推進の協定を結び、
センターが中心となり、現地の測定、除染、環境回復、食品検査の体制整備に従事し復興支援に関わる |
| 平成25年12月 | 放射線障害防止法に基づく放射性有機廃液の廃棄業の事業所を廃止 |
| 平成27年8月 | 改修工事・設備改修竣工 |
| 平成30年6月 | 東京大学アイソトープ総合センターならはサテライト開設 |
